El final de la guerra de independencia en 1821 marcó el inicio de una etapa de inestabilidad política, social y económica que se extendió durante la mayor parte del siglo y que tuvo sus repercusiones en el ámbito farmacéutico.
La Farmacopea está dividida en tres partes principales:
La primera está dedicada a las sustancias simples de origen natural.
La segunda recoge las preparaciones químicas más utilizadas en las farmacias, ordenadas de manera ascendente de acuerdo a su grado de complejidad.
La tercera está dedicada a las preparaciones farmacéuticas.